Vår forskargrupp är intresserad av att studera primär skleroserande kolangit (PSC) och dess associerade utfall, inklusive gallvägscancer (BTC).
Vi utvecklar och utvärderar innovativa diagnostiska strategier och tidiga markörer för sjukdomsprogression, patientstratifiering och prognos. Vår stora och välkarakteriserade PSC-kohort möjliggör epidemiologisk, klinisk och translationell forskning. Vi bidrar även till nationella och internationella nätverk, inklusive SWEHEP och International PSC Study Group (IPSCSG).
Din roll
Primär skleroserande kolangit (PSC) är en sällsynt kolestatisk sjukdom som kännetecknas av inflammation och fibros i intra- och extrahepatiska gallgångar. Sjukdomen är starkt kopplad till inflammatorisk tarmsjukdom (IBD) och förknippas med en hög risk för gallvägsmaligniteter. I denna roll kommer du att utveckla en pipeline för array-baserad DNA-metyleringsanalys med fokus på strikt kvalitetskontroll, dokumentation och reproducerbarhet. Du kommer även att genomföra multi-omics-integration av miRNA, proteomik och metabolomik med metoder såsom viktade nätverk och maskininlärning. Arbetsuppgifterna innefattar även datakurering och analys, visualisering och rapportering samt tolkning av resultat. Arbetet sker i nära samarbete med en senior bioinformatiker samt expertkliniker och immunologer, för att säkerställa att analyserna är förankrade i biologisk verklighet och kliniska behov. Under den första månaden kommer du även att utföra enklare laboratorieuppgifter såsom aliquotering samt bidra till effektivisering av provlagring, hantering och administration. Resultaten kommer att presenteras internt och du förväntas bidra till manuskript under arbetets gång. Tjänsten avser visstidsanställning på 6 månader.
Vem är du?
Du har en masterexamen (eller motsvarande) i bioinformatik/beräkningsbiologi med flera tidigare erfarenheter av datadriven biomedicinsk forskning och behärskar programmering i R och projekthantering med Git/GitHub. Praktisk erfarenhet av maskininlärning, omics- och multi-omics-arbetsflöden är ett krav. Kännedom om metoder som WGCNA och mixOmics DIABLO är meriterande. Du är van vid att bygga, underhålla och refaktorera analyspipelines samt kan bidra till verktygsmigrering. Förkunskaper om PSC och/eller BTC är en stark merit. Du har tidigare erfarenhet av laboratoriemiljöer och grundläggande hanteringsrutiner såsom aliquotering. God kommunikationsförmåga på engelska, både i tal och skrift, är en förutsättning. Att trivas i en samarbetsinriktad miljö, hålla deadlines och kunna arbeta självständigt vid behov är viktiga egenskaper för rollen.
Vi lägger stor vikt vid personlig lämplighet.
Vad erbjuder vi?
En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet en statlig myndighet. Det gör att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal. Medarbetare på KI erbjuds också möjlighet till ett flexibelt arbetssätt. Det innebär att om den verksamhet du jobbar i tillåter, så kan du arbeta en del av din arbetstid på distans. Du får även träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar där utbildad personal finns på plats.
Placering: Flemingsberg
https://ki.se/om-ki/tio-skal-att-valja-karolinska-institutet
https://ki.se/forskning/forskningsomraden-centrum-och-natverk/forskargrupper/annika-bergquists-forskargrupp
Ansökan
Varmt välkommen med din ansökan senast den 9 september 2025.
Ansökan ska göras via rekryteringssystemet Varbi. I denna rekrytering söker du med ditt CV utan personligt brev. I ansökningsformuläret kommer du istället att få svara på några frågor om varför du söker jobbet.
Vill du göra skillnad – och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök jobb hos oss
Report job
